地下建设用地使用权评估目前执行的是城镇土地估价规程，评估方法主要有以下几种方法：
市场比较法：是将近期市场上交易的类似地产进行比较，并作适当修正，以此估算待估土地客观合理价格的方法。随着大规模地下空间开发时代的到来，地下建设用地使用权的交易案例必将越来越多，只要在实务中增加对于地下建设用地使用权修正的因素，就可得到地下建设用地使用权的价值，因此是适宜的评估方法。
以上海市为例，2013年以来出台了几项与地下建设用地使用权评估相关的法律法规文件，政府公开出让地下建设用地使用权底价及协议出让价格将有法可依、有规可循。近2年公开出让和协议出让了很多幅地下建设用地使用权的宗地，我们在估价中有较多的案例可比较，但在可比案例修正时，除了传统的因素修正外，还需增加地下的个别因素修正，如地下面积、深度、地役权、通行权、地下公共空间等。
收益还原法：这个方法是以一定的还原利率对地下建设用地使用权的纯收益进行还原，通过测算求得地下建设用地使用权的价值。
目前需缴纳土地出让金的地下建设用地使用权属于经营性用途的地下建设项目，有较为稳定的收益，其价值体现在其获取收益能力的大小上，所以运用收益还原法估算地下建设用地使用权价值是比较适宜的。
成本逼近法：是以开发土地所耗费的各项客观费用之和为主要依据，再加上一定的利润、利息、应缴纳的税金和土地增值收益来确定土地价格的方法。
我国现在的土地价格，基本是一个平面地价，不是包含地上、地下的立体价格。从目前成本价格来说也是一个平面价格的一个概念，而未考虑地上地下的一个立体成本价格。因此，对地下建设用地使用权的成本价值来说，还应考虑开发地下空间所要耗费的各项客观成本，考虑的因素包括地质、地形地势、水文状况、地下深度、地下管道、环境污染以及城市规划等。
剩余法：该方法是预测地下空间的销售价格，扣除正常的开发成本以及相关的专业费用、利息、利润和税收等，以余额确定地下建设用地使用权的价值的方法。此方法主要取决于市场交易和客观成本等的信息取得，考虑的因素与市场比较法、成本逼近法相当。
基准地价系数修正法：是利用城镇基准地价和基准地价修正系数表等评估成果，对照修正系数表选取相应的修正系数对基准地价进行修正，进而求取待估宗地在估价期日价格的方法。
因为目前的基准地价和前述成本逼近法的阐述一样，也是一个平面的价格，因此目前地下建设用地使用权只能参照基准地价的修正系数表进行评估。以上海市为例，地下建设用地使用权价格是地上基准地价按照一定比例来确定，但这样相对来说过于简单，同一级别不同地块的个体差异未能体现。另外基准地价自身也存在不能及时反映当前地价水平变动的缺陷。
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